郭正亮毕业于高雄中学之后，就读于台湾大学机械系，之后转入心理学系就读并取得学士学位，之后于社会学研究所取得硕士学位；就读大学期间，由于受到“美丽岛事件”的影响，郭正亮投入改革性质强烈的台大大新社，并且与林佳龙等人参与“自由之爱”的学生运动。同时郭正亮也以“江迅”笔名，于学运刊物南方杂志担任总编辑。
郭正亮于完成硕士学位后，前往张俊宏的政经研究室服务；之后郭正亮加入民进党，并且前往美国耶鲁大学留学，并取得政治学博士。郭正亮回台后于东吴大学政治系任教，并担任中国时报主笔；但之后在陈文茜与陈忠信的力邀之下，于1996年出任民进党中央党部文宣部主任，后来升任民进党中央党部政策会执行长，在1998年民进党党内所举办的“中国政策”大辩论中，以主张“西进中国”一战成名。
2001年，郭正亮于台北市南区参选“立法委员”，并以第二高票当选，2004年获得连任。
2016年，郭正亮递补顾立雄的遗缺，成为民进党不分区“立委”。 [1]
2023年5月19日，郭正亮发出声明，称被人检举，宣布退出民进党。 [2]
郭正亮被誉为民进党内的理论家与“驱动民进党转型的先锋”，曾出版民进党转型之痛（天下出版社，1998年），广受各界好评。1999年民进党的“台湾前途决议文”便出自郭正亮之手；而郭正亮也长期投入对两岸关系的研究，并曾参与撰写2000年陈水扁就职演说的两岸关系部分。
2016年2月，郭正亮涉嫌酒驾，在台北市新生北路被警方拦查，酒测值达0.64毫克，吃上公共危险罪官司，遭判缓起诉1年，缴交罚款8.5万元新台币。 [3]
